Create Dockerfile

Dockerfile

@@ -0,0 +1,58 @@
+FROM ubuntu:20.04
+
+LABEL description="Bioinformatics Docker Container"
+LABEL maintainer="amoustafa@aucegypt.edu"
+
+RUN echo 'debconf debconf/frontend select Noninteractive' | debconf-set-selections
+
+##########################################################################################
+##########################################################################################
+
+RUN apt-get update && \
+apt-get -y upgrade && \
+apt-get -y install apt-utils dialog software-properties-common
+
+RUN add-apt-repository universe && \
+add-apt-repository multiverse && \
+add-apt-repository restricted
+
+##########################################################################################
+##########################################################################################
+
+ARG SETUPDIR=/tmp/bioinformatics-toolbox-setup/
+RUN mkdir -p $SETUPDIR
+WORKDIR $SETUPDIR
+
+##########################################################################################
+##########################################################################################
+
+# Prerequisites
+###############
+###############
+
+RUN apt-get -y install vim nano emacs rsync curl wget screen htop parallel gnupg lsof git locate unrar bc aptitude unzip bison flex \
+build-essential libtool autotools-dev automake autoconf cmake \
+libboost-dev libboost-all-dev libboost-system-dev libboost-program-options-dev libboost-iostreams-dev libboost-filesystem-dev \
+gfortran libgfortran5 \
+default-jre default-jdk ant \
+python3 python3-dev python3-pip python3-venv \
+libssl-dev libcurl4-openssl-dev \
+libxml2-dev \
+libmagic-dev \
+hdf5-* libhdf5-* \
+fuse libfuse-dev \
+libtbb-dev \
+liblzma-dev libbz2-dev \
+libbison-dev \
+libgmp3-dev \
+libncurses5-dev libncursesw5-dev \
+liblzma-dev \
+caffe-cpu \
+cargo \
+ffmpeg \
+libmagick++-dev \
+libavfilter-dev \
+dos2unix
+
+##########################################################################################
+##########################################################################################