Create Genome.m

Genome.m

@@ -0,0 +1,70 @@
+% Bacteriophage Lambda canlısının genomu çekilir.
+genom = getgenbank('NC_001416','SequenceOnly',true);
+genom_uzunlugu = length(genom);
+
+% Genomu fragmanlara ayıracak olan HpaII enziminin frekansı, baz dizilimindeki bazların frekanslarının çarpımıdır.
+HpaII = 'CCGG';
+c_frekansi = count(genom,'C')/genom_uzunlugu;
+g_frekansi = count(genom,'G')/genom_uzunlugu;
+lambda = power(c_frekansi,2)*power(g_frekansi,2);
+
+% Poisson dağılım formülünde integrali alınacak olan fonksiyon.
+fonksiyon = @(x) lambda*exp(-lambda*x);
+
+% Restriction Siteların başlangıç indisleri tutulur.
+RS_index = strfind(genom,HpaII);
+
+% Enzimin genomu ayırmasıyla oluşan fragmanların sayısı, RS sayısının bir fazlasıdır.
+fragman_sayisi = length(RS_index) + 1;
+fragman = cell(1,fragman_sayisi);
+
+% Fragmanların baz dizilimleri fragman değişkenine atanır.
+fragman(1) = {genom(1:(RS_index(1)-1))};
+for i = 2:(fragman_sayisi-1)
+    fragman(i)={genom(RS_index(i-1):RS_index(i)-1)};
+end
+
+fragman(end) = {genom(RS_index(end):end)};
+
+% Poisson dağılım formülüyle uzunluk olasılıkları bulunur.
+% Bu olasılıkların her biri toplam fragman sayısıyla çarpılır ve beklenen dağılım hesaplanır.
+beklenen_dagilim = zeros(1,7);
+for i = 1:6
+    beklenen_dagilim(i) = integral(fonksiyon,100*(i-1),100*(i))*fragman_sayisi;
+end
+beklenen_dagilim(end) = integral(fonksiyon,600,genom_uzunlugu)*fragman_sayisi;
+
+% Her bir fragmanın uzunluğu hesaplanır ve bulunduğu aralığı ifade eden değer bir arttırılır.
+gozlenen_dagilim = zeros(1,7);
+for i = 1:fragman_sayisi
+	if (length(fragman{i}) >= 0) && (length(fragman{i}) < 100)
+        gozlenen_dagilim(1) = gozlenen_dagilim(1) + 1;
+
+	elseif (length(fragman{i}) >= 100) && (length(fragman{i}) < 200)
+        gozlenen_dagilim(2) = gozlenen_dagilim(2) + 1;
+
+	elseif (length(fragman{i}) >= 200) && (length(fragman{i}) < 300)
+        gozlenen_dagilim(3) = gozlenen_dagilim(3) + 1;
+
+	elseif (length(fragman{i}) >= 300) && (length(fragman{i}) < 400)
+        gozlenen_dagilim(4) = gozlenen_dagilim(4) + 1;
+
+	elseif (length(fragman{i}) >= 400) && (length(fragman{i}) < 500)
+        gozlenen_dagilim(5) = gozlenen_dagilim(5) + 1;
+
+	elseif (length(fragman{i}) >= 500) && (length(fragman{i}) < 600)
+        gozlenen_dagilim(6) = gozlenen_dagilim(6) + 1;
+
+	else
+        gozlenen_dagilim(7) = gozlenen_dagilim(7) + 1;
+	end
+end
+
+% Beklenen ve gözlenen dağılım değerleri ile ki-kare hesabı yapılır.
+% Aralıkların ki-kare değerlerinin toplamı sonuc değişkenine atanır.
+ki_kare = zeros(1,7);
+sonuc = 0;
+for i = 1:7
+	ki_kare(i) = power((beklenen_dagilim(i)-gozlenen_dagilim(i)),2)/beklenen_dagilim(i);
+	sonuc = sonuc + ki_kare(i);
+end